Рнк методом пцр

ПЦР анализ

Качественный анализ указывает на наличие вируса в крови. Данный тест необходимо проводить всем пациентам, у кого обнаружены антитела к гепатиту С. Его результат может быть «обнаружено» или «не обнаружено». Референсные значения (значение, которое должно быть в норме) — «не обнаружено». Результат «обнаружено» может свидетельствовать о том, что вирус размножается и инфицирует все новые клетки печени. Качественный тест ПЦР имеет определенную чувствительность (10-500 МЕ/мл.). Это означает то, если вирус присутствует в крови в очень малой концентрации (ниже порога чувствительности метода), может быть получен результат «не обнаружено». Поэтому, при проведении качественного ПЦР у пациентов с низкой виремией (концентрацией вируса), например, проходящих противовирусную терапию, важно знать чувствительность диагностической системы. Для контроля вирусологического ответа при проведении противовирусной терапии желательно использовать диагностическую систему с чувствительностью не ниже 50 МЕ/мл. Таким критериям соответствуют, например, анализаторы COBAS AMPLICOR ВГС-TEST (аналитическая чувствительность 50 МЕ/мл или 100 копий/мл), РеалБест РНК ВГС (аналитическая чувствительность 15 МЕ/мл или 38 копий/мл) и другие.

Где безопасно купить новые препараты для лечения гепатита C? На наш взгляд, самый оптимальный и надёжный способ – это воспользоваться услугами проверенных годами поставщиков на нашем форуме, которые уже помогли избавиться от этого заболевания сотням пациентов.

Стоимость пцр

ПЦР анализ, стоимость которого зависит от применяемых реактивов, и может составлять от 300 руб. до 5000 руб., выполняется от одних суток до недели.

Кроме метода ПЦР для выявления РНК ВГС также используется метод транскрипционной амплификации (ТМА), обладающий лучшей чувствительностью (порядка 5-10 МЕ/мл.), однако этот метод в России пока не распространен.

Как часто нужно делать ПЦР гепатита C? Обычно его проводят сразу после обнаружения антител к гепатиту C и после 4-й, 12-й, 24-й недели противовирусной терапии, а также через 24 недели после завершения ПВТ, а затем — ежегодно, в случае УВО.

Рис. 1. Пример результатов качественного ПЦР гепатита С.

Количественный анализ ПЦР (вирусная нагрузка) — это тест на концентрацию вируса (виремию) в крови. Вирусная нагрузка — это количество единиц генетического материала (вирусной РНК), которая присутствует в определенном объеме крови (обычно это 1 мл, что соответствует 1 кубическому сантиметру). Это количество выражается в цифрах, единицы измерения МЕ/мл (международные единицы на миллилитр). Количество вируса может быть отображено по-разному. Например, 1,5 млн МЕ/мл, что соответствует 1.500.000 МЕ/мл или 1.5* 10 6 МЕ/мл. В некоторых лабораториях используются другие единицы измерения — копии/мл. Коэффициент пересчета из копий в международные единицы различный для разных тест-систем. Примерно значения можно пересчитать по формуле 1 МЕ/мл = 4 копии/мл, например, 5.5* 10 5 МЕ/мл = 2.2* 10 6 копий/мл.

На что же влияет вирусная нагрузка?

Во-первых, на инфекционность. Чем выше концентрация вируса, тем выше риск передать вирус, например, при половых контактах или вертикальным путем. Во-вторых, концентрация вируса влияет на эффективность лечения (если лечение будет проводиться на основе интерферона). Так, низкая вирусная нагрузка является благоприятным фактором при проведении терапии, а очень высокая – неблагоприятным. Также, количественный ПЦР имеет большое значение при проведении интерфероновой терапии для оценки ее успешности и планировании длительности курса. Так, при быстром ответе на лечение и низкой виремии перед терапией, сроки лечения могут быть сокращены. И, наоборот, при медленном снижении концентрации вируса, ПВТ может быть продлена.

Какая нагрузка считается низкой, а какая — высокой?

Высокой принято считать нагрузку свыше 800 *10 3 или 800.000 ME/мл, что примерно составляет 300*10 4 или 3.000.000 копий /мл. Нагрузка свыше 1*10 7 ME/мл считается очень высокой. Однако до сих пор среди специалистов нет общего мнения о значениях, разграничивающих высокую и низкую виремию. Так, в некоторых работах этой границей считается цифра 400.000 ME/мл.

Как часто нужно делать количественный тест?

Обычно его делают перед проведением терапии и после 12-й недели лечения для оценки ее эффективности в случае, если качественным тестом РНК еще определяется.

Результатом количественного теста может быть количественная оценка виремии в формате, описанном выше, а также результаты «ниже диапазона измерений» и «не обнаружено».

Порог чувствительности количественного ПЦР обычно выше, чем качественного. Так, для системы COBAS AMPLICOR он составляет 600 ME/мл. Результат «не обнаружено» может означать, что количественный тест и подтверждающий качественный тест не обнаружил вирусную РНК. Результат «ниже диапазона измерений» означает, что количественный тест не выявил РНК гепатита С, но вирус присутствует в очень малой концентрации (в случае, если при этом был проведен дополнительный подтверждающий качественный тест).

Рис.2 Пример результатов количественного теста.

Вопрос: Что такое ПЦР анализ РНК?

Сайт предоставляет справочную информацию исключительно для ознакомления. Диагностику и лечение заболеваний нужно проходить под наблюдением специалиста. У всех препаратов имеются противопоказания. Консультация специалиста обязательна!

Что представляет собой ПЦР анализ РНК?

ПЦР (полимеразная цепная реакция) анализ РНК – это быстрый, качественный и точный метод лабораторной идентификации возбудителей вирусных заболеваний и атипичных инфекций, генетический материал которых состоит из РНК (рибонуклеиновой кислоты).

К вирусам, содержащим РНК, относятся:

• ротавирус, астровирус, энтеровирус – вызывают кишечные инфекции;
• вирусы гепатитов А, С, D, E;
• аденовирус – вызывает грипп;
• парамиксовирусы – возбудители парагриппа, эпидемического паротита (свинка);
• рубеолла вирус – вызывает краснуху;
• респираторно-синцитиальный вирус – вызывает респираторные инфекции (ОРВИ);
• морбилливирус – вызывает корь;
• ВИЧ (вирус иммунодефицита человека) – вызывает СПИД;
• полиовирус – вирус полиомиелита;
• ретровирус, онкорнавирус – вызывают некоторые раковые болезни.

ПЦР анализ РНК проводят при помощи ряда специальных реактивов, а также специального аппарата – ПЦР-амплификатора, который увеличивает число искомых «кусочков» РНК путем их копирования. Реакция протекает по цепочке. Из одной молекулы РНК копируются две новые. Затем из каждой из этих двух образуются еще по две – в итоге четыре, и так далее. К концу амплификации (увеличения числа молекул) количество РНК копий может составлять тысячи и сотни тысяч. Большое количество фрагментов РНК позволяет легко анализировать и сравнивать их с огромной базой данных известных вирусов и инфекций.

ПЦР анализ РНК проводится на основе различных биологических материалов, взятых у больного.
Исследуемыми образцами могут быть:

• кровь, плазма (при гепатитах);
• кал (при кишечных инфекциях);
• моча;
• соскобы со слизистых носоглотки (при респираторных инфекциях);
• биоптаты (кишечные инфекции, раковые новообразования);
• другие жидкости организма – слюна, спинномозговая жидкость, выделения из носоглотки, сперматозоиды, амниотическая жидкость.

При помощи ПЦР анализа РНК можно определить тип возбудителя болезни, его концентрацию в организме человека, и, соответственно, стадию заболевания, его острый или хронический период.

За звучной аббревиатурой ПЦР скрывается сложная и не слишком понятная для рядового пациента расшифровка — полимеразная цепная реакция. Что же такое ПЦР-диагностика, на чем она основана и почему в последнее время ее стали считать самой перспективной технологией в постановке диагнозов, касающихся инфекционных и вирусных заболеваний? Мы расскажем о преимуществах ПЦР-метода, его особенностях и этапах проведения.

ПЦР-диагностика: что это такое?

Диагностика методом ПЦР существует чуть более 30 лет. Значительно эволюционировав за это время, она зарекомендовала себя как один из наиболее точных способов выявления инфекций. В основе метода лежит принцип многократного увеличения микроскопических концентраций фрагментов ДНК возбудителя в биологической пробе пациента в искусственных условиях. В результате сложного процесса, называемого амплификацией, под воздействием ферментов и изменения температуры (от 50 до 95°С) из одной молекулы ДНК образуется две. При этом происходит копирование участка ДНК, который присутствует только у того вида патогенного микроорганизма, который интересует врача.

Цикл образования новой молекулы ДНК занимает всего около 3 минут, а тридцати-сорока циклов вполне достаточно, чтобы получить количество молекул, необходимое для достоверного визуального определения методом электрофореза.

Кроме амплификации, то есть простого увеличения числа копий молекулы ДНК, с помощью ПЦР можно производить и другие манипуляции с генетическим материалом, например, сращивать фрагменты ДНК, вводить мутации и т.д. Это позволяет использовать ПЦР не только для диагностики инфекционных и генетических заболеваний, но и для установления отцовства, клонирования и выделения новых генов.

ПЦР-диагностика проводится в специальных лабораториях с помощью амплификационного оборудования. На сегодня существует множество различных модификаций ПЦР, включая технологии с использованием не только ДНК, но и фрагментов рибонуклеиновой кислоты (РНК). В некоторых из них амплификация осуществляется при постоянной температуре, и для их проведения специальное оборудование не требуется.

Широко применяется такой прием, как «горячий старт ПЦР», при котором пробирки с амплификационной смесью предварительно прогревают при температуре 95°С в течение 3–5 минут, для того чтобы избежать клонирования неспецифических ДНК-фрагментов.

Еще одна популярная модификация ПЦР — мультиплексная амплификация (МПА), которая позволяет проводить исследование сразу нескольких изучаемых фрагментов в одной пробирке. Это не только ускоряет и удешевляет проведение анализа, но и позволяет рассматривать одни фрагменты, получившиеся в результате реакции, в качестве положительных маркеров для других, что еще больше увеличивает точность исследования методом ПЦР.

Сферы применения метода в клинической медицине

В клинической медицине ПЦР-диагностика является одним из наиболее востребованных методов анализа в самых разных сферах:

1. Урогинекология . Для инфекционных заболеваний такого рода характерны слабая выраженность симптомов и хроническое течение, нередко вызывающие бесплодие и невынашивание беременности у женщин. С помощью ПЦР можно выявить наличие целого «букета» половых инфекций: хламидиоза, нескольких видов микоплазмы, уреаплазмы, трихомониаза, гарднереллы, кандиды, гонококка, трепонемы. Кроме этого, ПЦР-диагностике поддается и группа вирусов, поражающих урогенитальный тракт у обоих полов, в особенности, вирус герпеса и вирус папилломы человека. Их своевременное выявление и лечение помогает избежать риска злокачественных заболеваний шейки матки у женщин.
2. Неонатология . Существует множество микроорганизмов, способных поражать плод еще в утробе матери. ПЦР-диагностика позволяет эффективно выявлять наличие неонатальных инфекций как на внутриутробном этапе, так и у новорожденных. К опасным инфекциям относятся цитомегаловирус, токсоплазмы, вирусы краснухи и герпеса, хламидии, микоплазмы.
3. Служба крови . Чтобы избежать риска переливания, пациентам инфицированной опасными заболеваниями крови или плазмы (ВИЧ, сифилис, гепатиты) также используется метод ПЦР. Он значительно превосходит по точности серологические методы, поскольку способен выделить даже те инфекции, которые имеют длительный инкубационный период и не определяются при помощи обычных исследований в течение первых нескольких недель.
4. Клиника инфекционных заболеваний . К ним относятся вирус гепатита, СПИД, сальмонеллез, хеликобактериоз, холера, бруцеллез, туляремия, дифтерия, токсоплазмоз и другие инфекции.
5. Фтизиатрия и пульмонология . ПЦР-диагностика позволяет выявить возбудителей атипичных пневмоний и рецидивирующих хронических бронхитов, которыми являются хламидии и микоплазмы. Кроме того, с ее помощью можно не только поставить диагноз, но и провести видовую идентификацию возбудителя, т.е. выявить конкретный штамм. Метод ПЦР используется также для ранней и высокоточной диагностики туберкулеза.

Преимущества ПЦР-диагностики

Хотя ПЦР-диагностика и является относительно «молодым» методом, широкое распространение в медицинской практике она получила благодаря явным преимуществам перед другими способами анализа:

• Прямое определение возбудителя инфекции. Некоторые традиционные методы, такие как иммуноферментный анализ (ИФА), выделяют только белки-маркеры, которые являются продуктом жизнедеятельности возбудителей инфекции, а потому только косвенно указывают на присутствие микроорганизмов. Наличие специфического участка в ДНК, выявленное с помощью ПЦР, безошибочно или почти безошибочно указывает на присутствие конкретной инфекции.
• Высокая специфичность метода . Она обусловлена тем, что в исследуемом материале выявляется фрагмент ДНК, характерный только для конкретного возбудителя инфекции. Специфичность исключает возможность ложных результатов анализа, тогда как в иммунологических методах исследований ошибки вполне вероятны из-за перекрестной реакции антигенов.
• Высокая чувствительность . При помощи ПЦР-диагностики можно выявить присутствие в организме даже единичных клеток вирусов или бактерий в тех случаях, когда обычными методами сделать это практически невозможно. ПРЦ определяет наличие всего 10–100 клеток в пробе, тогда как иммунологическими и микроскопическими тестами можно определить наличие инфекции при количестве клеток не менее 103–105.
• Универсальность . Сходство состава всех ДНК или РНК дает возможность применять универсальные методы лабораторных исследований, диагностируя сразу несколько возбудителей из одной биологической пробы.
• Скорость получения результатов . Поскольку для проведения ПЦР-диагностики не нужен посев и выделение культуры возбудителя, то и большого количества времени на нее не требуется. Весь цикл — от забора биоматериала до получения результатов — занимает 4–5 часов.
• Диагностика латентных инфекций . ПЦР-методом диагностируются трудно культивируемые и некультивируемые формы микроорганизмов, встречающиеся в тех случаях, когда заболевание протекает в скрытой форме.

Методом ПЦР можно выявлять возбудителей инфекции не только в организме человека, но и в почве, воде, продуктах питания.

Ограничения метода

Тем не менее не стоит думать, что ПЦР-диагностика не имеет недостатков. У нее есть свои ограничения, но их количество настолько незначительно, что не может отрицательно повлиять на популярность и эффективность метода:

• Вероятность амплификации ДНК не только живого, но и погибшего микроорганизма . При проведении ПЦР-диагностики для контроля эффективности лечения необходимо соблюдать определенные требования. В частности, проводить ПЦР нужно после определенного промежутка времени (1–2 месяца), за который происходит полное исчезновение возбудителя инфекции в организме.
• Возможность возникновения перекрестной реакции . Подбор фрагментов ДНК (праймеров) осуществляется на основе знаний о генетическом строении конкретного микроорганизма. Но теоретически такой же фрагмент может присутствовать и у других микроорганизмов, геном которых на сегодняшний день еще не расшифрован. Их присутствие в пробе может привести к ложноположительному результату анализа.
• Изменчивость микроорганизмов . Эта способность возбудителей к мутации иногда приводит к тому, что некоторые их штаммы становятся неуловимыми в процессе ПЦР-анализа.

Чтобы уменьшить риски, разработаны стандарты объемов испытаний тест-систем ПЦР-диагностики, включающие проверку на перекрестные реакции и тестирование всех известных штаммов конкретного возбудителя.

Этапы исследования методом ПЦР

ПЦР-диагностика проводится в специальной лаборатории в несколько этапов.

1. Забор биоматериала . Процедура, предшествующая непосредственному анализу, которая осуществляется в процедурном кабинете соответствующего профиля. Забор делается с помощью стерильного оборудования только в стерильные пробирки. Материалом для исследования могут быть:
2. Эпителиальные соскобы со слизистых оболочек: из уретры, из цервикального канала, со слизистой дыхательных путей и зева, из конъюнктивы. Забор проводится с помощью специального ершика, при этом недопустимо попадание в материал следов крови.
3. Моча . Собираются первые 50 г утренней мочи в стерильную емкость. Материал используется для диагностики мочеполовых инфекций.
4. Мокрота . Используется для ПЦР-диагностики туберкулеза и респираторных форм микоплазмоза и хламидиоза. Мокроту собирают в стерильный флакон в количестве 15–20 мг.
5. Кровь, сыворотка, плазма . С их помощью диагностируются гепатиты, герпес, ВИЧ-инфекция. Для анализа используется венозная кровь (1–1,5 мл), собранная у пациента натощак в стерильную пробирку. Хранить биоматериал можно не более суток при температуре 4°С. Замораживать кровь категорически запрещается.
6. Биологические жидкости . К ним относятся слюна, сок простаты, околоплодная, плевральная, спинномозговая, суставная жидкости. Собираются при помощи пункции с использованием стерильного инструментария в количестве 0,1–1,5 мл в стерильные пробирки.
7. Биоптаты , т.е. материалы, полученные путем биопсии. Обычно на анализ отправляют биоптаты двенадцатиперстной кишки или желудка, чтобы выявить хеликобактерную инфекцию. Объем материала 2–3 мм 3 .
8. Хранение и транспортировка биоматериала . Хранить образцы можно при комнатной температуре не более 2 часов. Если необходимо длительное хранение, то пробы помещают в холодильник с температурой 2–8°С на срок не более одних суток. Допустимо хранение некоторых биоматериалов в течение двух недель в замороженном виде при температуре -20°С. Оттаивание и повторное замораживание проб запрещено. Транспортировка, если она необходима, должна проводиться в специальных термоконтейнерах или термосах с соблюдением всех правил хранения и перевозки биоматериалов.
9. Выделение ДНК из образца . Способ выделения зависит от вида определяемого микроорганизма и от вида биологического образца. Если, например, анализируется соскоб эпителиальных клеток, используется так называемый метод твердофазной сорбции, заключающийся в добавлении в образец специального вещества, концентрации ДНК на сорбенте и его многократной отмывке буферным раствором.
10. Проведение ПЦР . Некоторое количество образца из биологической пробы переносится в специальную микроцентрифужную пробирку. Туда же добавляется амплификационная смесь, имеющая сложный состав, в объеме 25 мл. Пробирки устанавливают в программируемый термостат, и автоматическом режиме проводится амплификация. Время ее проведения зависит от заданной программы и составляет 2–3 часа. Одновременно с опытными пробами проводятся контрольные — положительные , включающие в себя контрольный препарат ДНК исследуемого возбудителя, и отрицательные , не содержащие исследуемую ДНК. Количество циклов амплификации варьирует от 30 до 40, более 40 циклов проводить не рекомендуется, так как это способствует увеличению количества неспецифических продуктов в пробе.
11. Регистрация результатов . Фрагмент ДНК, характерный для возбудителя инфекции, выделяют методом электрофореза в присутствии специального вещества — бромистого этидия. Его соединение с фрагментами ДНК дает светящиеся полосы при облучении ультрафиолетовым излучением. Образец помещают в камеру для электрофореза и в течение 35–40 минут проводят разделение продуктов амплификации. После этого образец просматривают в ультрафиолетовом свете — наличие оранжевой светящейся полосы свидетельствует о положительном результате.
12. Интерпретация результатов исследования . Результат ПЦР-диагностики может быть либо положительным, либо отрицательным. Положительный результат говорит о том, что в организме человека обнаружены следы инфекции, причем именно в данный момент времени. Количественный результат ПЦР-анализа оценить может только врач, они индивидуальны для разных типов инфекций. На основании количественного результата можно сделать вывод о степени активности заболевания и определить характер лечения.

Цены на ПЦР-диагностику

Цена ПЦР-диагностики зависит от того, на какую конкретно инфекцию пациент планирует проверяться, от вида анализируемого материала, методики тестирования — качественной или количественной. Цена за определение одной инфекции составляет от 200 до 800 рублей в разных клиниках. Кроме того, к стоимости анализа добавится и плата за забор биоматериала — около 400 рублей. Средняя стоимость ПЦР-диагностики разных видов приведена в таблице 1.

Таблица 1 . Примерные цены на анализы ПЦР в Москве

Название анализа	Цена, руб.
Определение ДНК хламидия	750
Определение ДНК микоплазмы хоминис	540
Определение микоплазмы гениталиум	350
Определение ДНК уреаплазмы	350
Гонококк, определение ДНК	350
Определение ДНК герпеса (разные типы)	350–600
Определение ДНК кандиды	570
Вирус краснухи, определение РНК	800
Дифференцированное определение ДНК ВПЧ (разные типы)	350–1900 [1]

Итак, многие медицинские центры предлагают провести ПЦР-исследование комплексно. В пакет услуги диагностики включается сразу несколько анализов, например, «ПЦР-8» (8 бактериальных и вирусных возбудителей острых кишечных инфекций) — 1400 [2] рублей или «ПЦР-12» (12 половых инфекций) — 3500 [3] рублей. Такая услуга позволяет существенно сэкономить деньги, поскольку при отдельном прохождении ПЦР-диагностики по каждой инфекции затраты будут намного больше.